Die Überreste kommunistischer und sozialdemokratischer Organisationen versuchten, Untergrundnetzwerke zu erhalten, die zumindest in der Lage sein sollten, Informationen über Erfolg oder Misserfolg von Maßnahmen des NS-Regimes zu sammeln und antinazistische Schriften zu verbreiten. Mit der Zeit entwickelten sich weitere Widerstandszellen unter jenen Deutschen, die wegen ihrer starken politischen, ethischen oder religiösen Überzeugung das Nazi-Regime zutiefst verabscheuten. Eine Gruppe einst mächtiger Militäroffiziere unter der Führung Ludwig Becks (1890-1944), der 1938 als Generalstabschef des Heeres zurückgetreten war, spielte mit dem Gedanken, Hitler gewaltsam zu entmachten, um einen Krieg zu verhindern. Es gelang ihnen jedoch nicht, genug Rückhalt in der militärischen Führungsspitze zu gewinnen. Wie bei anderen Widerstandsgruppen auch, wurde ihr Vorhaben durch Hitlers Popularität und seine zahlreichen außenpolitischen Erfolge erschwert.
Zunächst stärkten die deutschen militärischen Siege das öffentliche Vertrauen in das Regime. Die vor dem Krieg existierende Unterscheidung zwischen Hochverrat und Landesverrat schien zu verblassen, sobald deutsche Soldaten, Matrosen und Piloten im Fronteinsatz waren. Für einige Offiziere stellte der Eid, den sie auf Hitler persönlich geschworen hatten (dieser wurde im August 1934 direkt nach Hindenburgs Tod eingeführt), einen weiteren Anlass zur Ablehnung des Widerstands dar. Außerdem setzten die Verschwörer ihre Reputation aufs Spiel, da Umsturzpläne gegen das Regime in Kriegszeiten zweifellos als „Dolchstoß“ gegen die deutschen Truppen an der Front dargestellt werden würden – Hitlers übliche (unzutreffende) Anschuldigung gegen die Revolutionäre vom November 1918. Und nicht zuletzt bedeuteten Umsturzpläne natürlich auch, die eigene sowie die Hinrichtung von Familienmitgliedern zu riskieren.
Der protestantische Theologe Dietrich Bonhoeffer (1906-1945) machte auf die geistige Isolation der Gegner des NS-Regimes aufmerksam. Er versuchte, den offensichtlichen Mangel an deutscher Zivilcourage mit einem Verweis auf das traditionelle deutsche Freiheitsverständnis zu erklären – ein Verständnis, das es versäumte, zu individuellem Verantwortungsbewusstsein aufzufordern. Als Mitglied der Bekennenden Kirche erhielt er Predigt- und Lehrverbot, setzte aber seine Arbeit zeitweilig illegal fort. Während des Krieges schloss er sich der Widerstandsgruppe im Amt Ausland/Abwehr im Oberkommando der Wehrmacht an. Die Gestapo verhaftete Bonhoeffer am 5. April 1943 unter dem Vorwurf der Wehrkraftzersetzung. Nachdem er zwei Jahre inhaftiert gewesen war, wurde er am 8. April 1945 hingerichtet, einen Monat, bevor der Krieg in Europa endete.
Die an der Ludwig-Maximilians-Universität in München entstandene Gruppe „Die Weiße Rose“ war eine der artikuliertesten Widerstandsgruppen. Sie bestand im Kern aus fünf Studenten, den Geschwistern Hans (1918-1943) und Sophie Scholl (1921-1943), Alexander Schmorell (1917-1943), Christoph Probst (1919-1943) und Willi Graf (1918-1943); später stieß auch der Universitätsprofessor Karl Huber (1893-1943) dazu. Die Gruppe verschickten und verteilte eine Reihe von sechs Flugblättern mit dem Ziel, die Bevölkerung zu informieren und zum aktiven Widerstand aufzurufen. Ihr fünftes Flugblatt, das im Januar 1943 verteilt wurde, ist bemerkenswert aufgrund der Gewissheit, mit welcher die militärische Niederlage Deutschlands vorausgesagt wird. Beachtenswert ist ebenfalls, dass das Flugblatt das Schicksal der Juden nur flüchtig andeutet – vermutlich glaubten die Verfasser, dass diesbezügliche Informationen der Bevölkerung bereits hinreichend bekannt seien.
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